常設委員会・特別委員会・連盟事務所・宣教研究所

常設委員会

各個教会・地域主体の協力伝道を推進するために「常設委員会」（委員任期2年）を新設した。
これまでの主事・専門委員の働き（機能）に替わる新しい仕組みであり、方針作りからある程度の決裁までを担う機関として整えていく。
理事選挙改革に伴い、新しく選び立てられた理事（理事会）との連携も創造的なものとなる（理事会は各委員会に担当理事を派遣する）。
2023年度に新機構としてスタートしながらも、前機構からの引継には最低半年間は必要となることから、上期（2023年度・2024年度）の委員には、働きの継承とスムーズな移行を重んじて、これまでの「専門委員」を担ってこられた人財を中心に理事会が選出する。

総務委員会 総務委員会の働きは、①連盟の総会に関わる働き「加盟教会や理事会から提案される議案の整えのお手伝い」。②連盟の諸規程の修正、条文の追加や削除の提案。③連盟保有不動産、及び加盟教会の連盟出捐不動産の管理や計画についての提案。④ICT委員会を立て、総会を始め連盟事務所や加盟教会の情報通信技術や情報通信網の整備と改善を提案。これらが主な働きです。委員全員で規程集を片手に、共に学び、協議しながら取り組んでいます。
財政委員会 財政委員会は常設委員会の一つで、5名の委員で構成され、財務理事が財政委員長を務め、連盟総務室と緊密に連携しています。神さまから託された大切な資産を協力伝道のために有効に活用すべく取り組むことが求められています。所管事項は、(1) 連盟の中長期財政計画の作成 、(2) 連盟の単年度予算についての加盟教会への説明、(3) 教役者退職一時金・年金制度の管理および改善、 (4) 連盟資産の処分に関する提案、(5) 資金運用、などです。
地域協働委員会 地域協働委員会の働きは、日本バプテスト連盟に加盟する教会・伝道所とつながり福音宣教、教会形成のための協働の働きに努めています。また、そのために地方連合、または地域とも連携していきます。教会・伝道所には様々な課題（教会員の高齢化と減少、財政逼迫等）によって苦悩、痛みを抱えています。地域協働委員会は経済的援助と共に協働の働きによって伴走します。
研修委員会 研修委員会は、教会音楽、教会教育、ユース伴走の分野において、地域や地方連合で行われる研修会に協力します。また研修委員会のもとにある小委員会の働きとして「教会音楽プロジェクト」、「全国ユースプログラム」があります。大きな働きとして、毎年開催の「全国ユースキャンプ」、4年に1度開催の「バプテストフェスティバル」の企画運営を、地域や関連団体と協力して行っています。女性連合の「全国小羊会キャンプ」との協働窓口や、「全国青年大会」との窓口も研修委員会です。
ハラスメント対策委員会 ハラスメントは人の尊厳にかかわる重大な課題です。当委員会では、日本バプテスト連盟に関わる全ての人が教会等において安心・安全に活動できるよう、相談を受け解決を目指します。まずは相談窓口にご連絡ください。相談は原則、電話で行います。担当者は守秘義務を徹底して対応します。ハラスメント被害にあっている人のみならず、ハラスメントと疑われる行為を見聞きした場合も相談してください。

特別委員会

回転資金委員会 日本バプテスト連盟に加盟する教会および伝道所、並びにバプテストの主義と理想に基づいて管理運営される事業団体に対して、建築・改築・土地購入・建物購入・修繕・什器備品の購入他、必要な資金を貸し付けています。
資料保存・管理委員会 連盟の協力伝道の宣教方針や活動計画の立案などを、連盟の歴史を踏まえて連盟関係機関が行うことができるように、総会・理事会及び各委員会などの資料を保存・管理し、規程に従って提供することを目的にしています。また、諸教会・伝道所の記念誌、建築資料、証し集、写真などを収集・保存し、連盟関係資料と共に、諸教会・伝道所などの宣教活動に資するよう、これらも規程にしたがって提供するようにしています。
伝道者養成に関する委員会 連盟の伝道者（牧師、宣教師等）養成に関する施策を立案・推進する委員会です。特に、「諸教会の意識改革、研修運動の推進」「神学校で学ぶ献身者の掘り起こし」に重点を置いて関係諸機関とも連携し、提言をしていきます。また年度ごとに連合立等神学校（東京、九州）の働きや財務状況を確認し、併せて神学校献金の状況を勘案して、連盟助成金額を決定するとともに、両神学校に対する必要な要望・提言等を行います。
障がい者と教会委員会 すべての人々が共に主の福音にあずかるために、障がいを有する人々の視点から、聖書に聴き、教会のあり方や宣教の働きを展開することを目的とする。
靖国神社問題特別委員会 靖国神社問題は、思想信教の自由と政教分離に関わる課題です。戦時中日本は、天皇を頂点とする国家神道体制のもとで国民を動員し、アジア諸国を侵略、朝鮮半島や中国の一部を植民地としました。その精神的支柱として靖国神社が機能しました。今日でも戦争を美化し、戦没者を英霊とする靖国神社に、政府の関与が問題視されています。当委員会は反戦・平和・人権の立場から講演会や学習会を企画し、関係団体と連携して宣教の課題としてこの問題に取り組んでいます。
公害問題特別委員会 公害問題特別委員会はキリスト者の視点から公害を考えてきました。私たちは「公害は神に創造された命よりも、国の政策や企業の利益が優先されて起こってきた」と、とらえています。そしてこれらの行為は神の前に罪であり、悔い改めが必要な事だと考えています。公害問題委員会では、現在は特に核の問題（原子力発電・核兵器など）について注力し、キリスト者として命、環境、人権、平和、民主主義の視点から反対を訴えています。
日韓・在日連帯特別委員会 当委員会は、「韓国問題特別委員会」として、軍事独裁政権下の韓国にあって民主化闘争に取り組む民衆らと連帯していくことから始まった。在日コリアンとの出会いと人権課題に対する取り組みの中で、現在の名称に変更。近年は、在日外国籍住民の人権課題に広く取り組み、国籍やルーツの違いを認め合い、共に生き、生かし合う社会の実現を目指して活動している。特に「外国人住民基本法」の制定に向け、他教派・他団体と協力して取り組んでいる。
部落問題特別委員会 当委員会は、1981年の連盟年次総会において創設され、以来「被差別者の立場に終始立ち切られたイエスを主と仰ぐ私たちキリスト者にとって、部落差別への無関心を差別への加担・罪としてとらえ、この課題への深い関わりを持つことが主のみ旨であり、差別問題解決のため、その戦いの先頭に立つことが福音の証しである」（1982年年次総会報告書）を理念として活動している。
ホームレス支援特別委員会 2000年代初めに25,000人を数えた全国のホームレスの数は、官民上げての取り組みのおかげで現在では10分の1の2,500人にまで減っています。しかしリーマンショックにはじまる景気の悪化は、人々の生活を苦しくし、非正規雇用者の割合の高止まりもあって、生活困窮者はむしろ増加しています。ホームレス支援委員会は、全国で支援活動に関わっている教会や団体を繋ぎ、情報共有やシンポジウムの開催などを通して励まし合うことを目指しています。
性差別問題特別委員会 性差別は、神の「良し」のもとに創られた人間の存在を否定し、いのちを殺します。多様な性の在り方は、人の生き方であり、違いは豊かさを示します。すべての人は、時代や場所の制約を超え、幸福に生きる権利を持ちます。神の愛を知る教会が、支配や暴力から自由になり、平らな関係性の中で互いを喜び生きることができるよう、私たちは「いのちの尊さ」を語り、共に学び続けます。神の「良し」が響き渡る世界を皆で目指します。

連盟事務所

総務室 総務室は、経理・庶務、販売管理といった働きの部門が、連盟事務所と諸教会の働きを繋ぐ窓口となり、連盟協力伝道の歩みを幅広く支え、担う部署です。協力伝道献金の管理をはじめ、教役者福利厚生、不動産や回転資金制度の運営、宗教法人手続きの支援等の働きを担っています。また、諸教会が安心して宣教に専念できるよう、日々の実務や相談の対応、各種手続きのサポート、教会運営に必要な制度や情報を整え発信し、諸教会に資する働きを担っています。
宣教室 宣教室は、国内外の宣教協働をサポートする部署です。地域協働委員会と連携し、教会・伝道所の活動支援、地方連合との協働を支え、教勢報告の取りまとめを行います。研修委員会の企画推進するキャンプ等への協力もしています。また宣教師派遣や国際ミッション・ボランティアの派遣業務、海外諸団体との連携を通して宣教協力を進めています。月刊『聖書教育』の編集・発行や『新生讃美歌』の推進・著作権管理を行っています。
常務理事室 常務理事室は、常務理事の下で、連盟内外・連盟事務所各部署を繋ぐ部署として、理事会サポートはじめ、各委員会との連携、諸教会の式典対応・人事相談等の取り次ぎ、西南学院はじめ連盟関係事業体、各神学校、国内外の協力団体の連絡窓口の働きを担っています。この他、機関紙『バプテスト』の編集、特設サイト「協力伝道ひろば」の運営、情報発信の役割を担っています。また、資料保存・管理委員会と連携し、資料保存管理の実務を担っています。

宣教研究所

宣教研究所 宣教研究所は1995年の設立以来、独立した機関として、研究・研修・情報発信を三本柱に、連盟に連なる諸教会の伝道と教役者を支える働きを担ってきました。現在は運営委員会のもと専任所長を中心に運営していますが、この体制は2026年度をもって終わります。2027年度からは第71回連盟定期総会で承認された「三室一所」として連盟内の一部署に位置づけられ、限られた資源のもと、これまで大切にしてきた働きを可能な限り引き継いでいくことが期待されています。